MIKE 21 FM 作为一款可以解决带自由表面的二维流动问题的通用模型，可以用于湖泊、河口和海岸等可简化为平面二维问题的模型研究工作。该模型包括水动力、波浪、泥沙和环境等模块。MIKE 21 FM 模型采用基于非结构网格的有限体积法求解。其优点是可以很好地拟合复杂地形，并保证物质通量守恒，且计算速度较快。

其中的水动力模块（MIKE 21 HD）可以通过求解连续性方程和动量方程来计算各网格点不同时刻的水位及流速值，可以很好的预测分析不同驱动力下双鱼岛海域的潮位变化及不同时刻的潮流流态。

MIKE 21 MT（泥输运）模块基于HD（水动力）模块的水流计算结果，计算包括沉降和再悬浮之内的泥沙输运过程。MT 模块可将粘性泥沙和非粘性泥沙区别处理。